Dalam bidang pendidikan, terdapat 2 program yaitu SMT (School of Master Teacher) dan Guru Pemberdaya.
SMT (School of Master Teacher) merupakan program pendidikan tiga bulan bagi guru sekolah dasar dengan peserta didik mayoritas dhuafa. Program ini menerapkan kurikulum karakter 5P guru pemimpin (peneladanan, Pengasuhan, Pembiasaan, Pembelajaran, dan Penerapan) ini bertujuan meningkatkan kapasitas 3P (Pengajar, Pendidik dan Pemimpin).
Guru Pemberdaya merupakan program pendampingan sekolah yang berada di daerah pedalaman dan kepulauan dengan tujuan perbaikan kualitas mutu pendidikan. Saat ini guru pemberdaya Dompet Dhuafa telah tersebar di 4 kabupaten dan kota Sulawesi Selatan dan Barat yaitu di Kabupaten Bulukumba, Jeneponto, Takalar, Gowa, Kota Makassar, Kabupaten Maros, Pangkejene Kepulauan, Barru, Kota Pare Pare, Kabupaten Sidenreng Rappang, Pinrang, Soppeng, Polewali Mandar dan Kabupaten Majene.